El actual Noalejo fue fundado en el siglo XVI por Doña Mencía de Salcedo. Entre el final de la Guerra de Granada y el primer tercio del XVI, las tierras eran "entredichos" o bandas territoriales disputadas entre Jaén y Granada. La jurisdicción eclesiástica fue cedida a la Abadía de Alcalá la Real hasta 1851, cuando se integró en la diócesis de Jaén. En 1833, fue incluido definitivamente en la provincia de Jaén.