Los poblamientos más antiguos se datan por los hallazgos en la Venta de la Nava de útiles de sílex del Paleolítico medio. Hay testimonios de un enclave de la cultura de las cuevas durante el neolítico en la cueva del Agua de Pradonegro. Se ha documentado un yacimiento de la época de la cultura del argar en la cueva del Frague. Durante la era moderna, Iznalloz fue cabecera de un partido judicial. Más recientemente, Dehesas Viejas (2014) y Domingo Pérez de Granada (2015) se segregaron para convertirse en municipios independientes.