Gobernador ha estado poblado desde la prehistoria. En la época de ocupación árabe de la península ibérica se constituye como alquería, bajo el nombre de "Montarun". Durante la Reconquista fue objetivo de incursiones de los cristianos acuartelados en Cazorla. Fue finalmente conquistado por los Reyes Católicos. El pueblo quedó despoblado por la expulsión de los moriscos tras lo que se repobló con colonos de otras partes del norte de España. Esta aldea fue asignada al Gobernador Don Francisco de Molina, de cuyo propietario tomaría su nombre.