Los estudios arqueológicos señalan que el actual enclave del municipio ha estado habitado desde la prehistoria. Se han hallado restos pertenecientes al Neolítico, la cultura del Argar, iberos, la Hispania romana y árabes y castellanos en la Edad Media. Varias fuentes identifican Alicún de Ortega con la mansio romana de Acatucci. En el siglo IX es una de las poblaciones en auge y en el siglo XIII se menciona por el historiador al-Hulal al-Mausiyya como uno de los pasos de Alfonso I de Aragón en su expedición militar en 1126. Desde el Pacto de Jaén se sitúa en los territorios de la frontera norte del reino Nazarí. Cambió de manos y estuvo asolada por las incursiones de castellanos y moros. Finalmente fue tomada en 1489 durante la guerra de Granada.